1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。
　　另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。
　　就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。
　　为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。
　　哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。
　　为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。

　　拥有四万公顷山林和土地、价值七百亿日元的82岁老妇人柳川敏子被三个胆大妄为的年轻人诱拐、劫持。三人提出老人的赎身价为五千万日元，柳川敏子勃然大怒：“痛痛快快要一百亿好了，也免得给后代们丢脸。”不知所措的年轻人反而央求柳川把数额减少一些，决不让步的柳川则开始信心十足地指挥起这场“诱拐战”。警察局长井狩要求通过电视现场直播让柳川与家人见面，以确认其是否安全。柳川则巧妙地指挥电视转播车开到隔谷相见的山间，通过电视指示家人将山林和土地变卖筹款。一百亿日元装上了直升机，柳川又声东击西甩开警察，指挥飞机将钱运到了指定的地点。安全回到家中的柳川内心所感慨的其实是：当自己死后，财产的70%将作为继承税被国家白白掠去，而被拐走一百亿就可以使一百亿财产不被征税。这也就是她利用被诱拐的机会假戏真做的真正原因。

　　著名的演员兼导演向井武平（三国连太郎 饰）正在拍摄一部讲述夫妻俩同时罹患癌症，饱受病痛折磨的悲剧电影。现实中的向井嗜酒如命、放纵色欲，生活极其不规律。某天他突然被诊断出患有晚期胃癌，只剩下不到一年的生命。原本打算分居的妻子万里子（宮本信子 饰）只得用谎言搪塞，小心侍候病重的丈夫。
　　第一次手术后不久，向井倒在片场，再次回到医院。他虽然保持乐观的性格，但偶然间仍得知自己的真实情况，精神备受打击。痛苦之至，向井甚至用片中女主角使用的方法自杀。徘徊在死亡边缘的他恍惚间经历一场奇异之旅，并开始对人生有所感悟……

　　板仓亮子（宫本信子 饰）是港町税务署的调查员，她工作认真负责，但在收到一位老婆婆的指责后，她不再将目光停留在普通老百姓身上，而是转移到大的商会上面。在她锲而不舍的追查下，许多狡猾的公司老板纷纷现出原形。不过亮子也有为难的时候，经营旅馆业的权藤英树（山崎努 饰）就是一条狡猾的老狐狸，任凭亮子怎样调查也找不到蛛丝马迹。
　　不久后，亮子因工作出色被调到国税局侦查科，她和同事齐心协力侦破不少偷税案件。随着一同匿名举报电话的到来，权藤的案子再次提出，亮子决心将其偷税事实彻底查清……

　　某宗教团体天之道法人代表鬼泽铁平（三国连太郎 饰）籍着宗教法人不用纳税的法律漏洞作掩护，将从其他行业得来的黑金以宗教名义藏匿起来，并且过着奢华淫糜的生活。国税局得知消息，派出侦查科的坂仓亮子（宫本信子 饰）调查此案。亮子与东大毕业的新人三岛（益岡徹 饰）几经周折，艰难取证，然鬼泽狡猾非常，调查工作困难重重。
　　另一方面，鬼泽与政治家、地产商人、银行家和黑社会相互勾结，为了得到某块土地对这里原有的住户进行恐吓与骚扰，手段恶劣，无所不用其极。
　　这次亮子面对着一群比当年权藤英树更加难缠和狡猾的对手……

故事发生在1945年，残酷的战争走向了尾声，日本颓势尽显，街头一片萧条。十九岁的里子（二阶堂富美 饰）和母亲茑江（工藤夕贵 饰）过着相依为命的生活。呼啸而来的轰炸机，飞速上涨的物价，永远空空荡荡的餐桌和填不饱的肚子，战战兢兢的生活，里子和茑江在夹缝中艰难的生存着。
银行行长市毛（长谷川博己 饰）住在母女家的隔壁，他喜欢拉小提琴，优美的琴声往往会使母女两人暂时忘记残酷的现实。市毛的妻子身处乡下，他自己独自留在东京，里子有时会去市毛家干些家务，一来二去之间，两人竟然生出了情愫。残酷的战争之中，面对短暂而难得的温情，两人都无法放开紧紧相拥的手臂

有钱的门仓常造访地位低微的水田，对其妻子阿民关怀备至；阿民也处处为门仓著想。水田深谙友人心事，只一笑置之。一天，门仓改变以往和蔼态度，在酒会上对老朋友冷嘲热讽，当众奚落水田。水田怒气冲冲，挥袖离去。门仓失去挚友，仍尽力为水田女儿里子撮合恋情。那刻，阿民绽放笑容，因为，门仓早已融入水田家，不能分离……