2002年在TV版内容再次编集的基础上，上映的两部∀高达的动画电影《地球光》和《月光蝶》。

　　乡下的14岁少女艾丽卡，为了成为传说中的“乙HiME”，不远万里来到繁华的大都市，想要在风华王国的加尔德罗贝学院学习。
　　所谓“乙HiME“，是王权贵族们为了保护自己所招募的，通过建立契约而使用超能力的少女们的通称。这是每个少女都梦想的职业，艾丽卡也不例外。但加尔德罗贝学院的入学条件十分苛刻，艾丽卡对此无能为力。正当艾丽卡一筹莫展之际，她竟遇到被士兵追捕的风华王国公主真白公主！原来，真白厌倦王室无聊的生活，逃离了王宫。二人逃离追兵后，突然遭遇了奇怪生物的袭击，加尔德罗贝学院的预备生尼娜•王与学院中的乙HiME开始了公主营救行动。
　　不平凡的开端，艾丽卡通向乙HiME的道路，到底如何是好？

　　この世とあの世の間、三途の川に棲む妖怪、外道衆。代々外道衆と戦ってきた侍・志葉家の当主、シンケンレッドこと志葉丈瑠は、日々外道衆の尖兵・ナナシ連中と戦いを繰り広げていた。外道衆の更なる侵攻の気配を感じ取った志葉家の従者・日下部彦馬は、丈瑠に対し外道衆と戦うための家臣を集めることを進言するが、丈瑠は現代の世に殿様として他者の上に立つことへの不快感から、これを拒絶する。
　　そんなある日、ついに外道衆の幹部たちが目覚め、この世への本格的な襲撃が始まる。機が熟したと見た彦馬は、独断で志葉家家臣が育て上げた4人の若者を招集。丈瑠も渋々ながら彼らを仲間にすることを承諾し、シンケンジャーと外道衆の永き戦いが始まった。

　　分隔在两个世界的爱力克兄弟二人，使用各自的手段尝试着兄弟再会。
　　哥哥爱德华穿过“门”来到真实世界。公元1923年的德国慕尼黑，一场世界大战即将到来。无法在这个世界使用炼金术的爱德华，与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技，希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界，弟弟阿尔冯斯修行炼金术，打扮宛若曾经的爱德华，与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。
　　而暗地中，慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式，连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。
　　兄弟二人的命运与两个世界的危机交织在一起，爱力克兄弟要面对前所未有的挑战。