故事发生在明朝末年，大将军戚继光和兵部尚书戚继宇联手组成戚家军，对胆敢侵犯国土的倭寇迎头痛击。倭寇首领大岛正雄和朝中司礼大太监童大宝（于承惠 饰）内外勾结，陷害戚继宇，导致戚家军解散，戚家遭到了满门抄斩，作为戚家唯一的后代，戚少正（吴京 饰）不得不踏上了逃亡的旅途。
　　少林寺方丈至一（王珏 饰）将戚少正收为徒弟，童大宝得知了戚少正的下落，火烧少林，至一为了保护戚少正不幸身亡。之后，戚少正带着至一的血书前往南少林投奔圆照方丈（徐向东 饰），并先后结识了小妮（法提麦·雅琦 饰）、红莲和华子等人。血气方刚的一行年轻人，打算凭借他们自己的力量，重建戚家军。

　　清末戊戌变法的风潮波及到天津，大清朝世道衰微。受维思想影响的唐青山(吕良伟饰)却把生意做得很兴旺，并且同才女施佩珍(颜丹晨饰)结下百年之好。正当唐家张灯结彩之时，突然清兵涌至，以“纠结康党，图谋朝政”的罪名抄家，唐家父子被捕入狱。后来唐父病死在狱中，唐青山永囚石牢。一日，唐青山的义弟费永嘉(王同辉饰)带唐青山的断指和戒指来见佩珍，告之青山大哥已遭难，后来佩珍与费永嘉结成夫妻。被关进石牢的唐青山昏迷后，发现自己左手中指被断，定情戒指不翼而飞，绝望中结识同狱中的一裹面怪人，此人自称是亲王，奇怪的是两人相貌竟有几分相像，更惊奇的是亲王左手也有一个断指，但亲王的断指用一个金手指装饰着。从此亲王教青山练习缩骨术，以便将来越狱。岁月流逝，世道巨变，慈禧已死，袁大总统继位。在亲王的帮助下，唐青山越狱成功。十五年后，破败不堪的唐府旧宅前，出现了一个左手带金手指的爱新觉罗的亲王，身边站着一个年轻漂亮的女子。此人是亲王，还是青山，这女子是谁，于是一个离奇好看的故事开始了……

　　三国时期，战火纷起。年轻的华佗在家乡亳州给百姓看病，过着自由洒脱的日子。华佗妙手让太守女儿明心起死回生，获得了神医美名，也从此与明心结下不解之缘。为了研制麻沸散给明心治疗眼睛，华佗开始游历寻药。在都城，华佗与英雄关羽、奸雄曹操和师兄吴思德屡有交集，见识了官场险恶，世态炎凉。最让华佗痛心的是，心爱的姑娘明心惨遭吴思德霸占。在东吴山中，绝望的华佗受隐者指点，幡然醒悟，立志成为医人医心医国的苍生大医。赤壁之战，刮骨疗毒，秘境历险。任凭风吹雨打，从不曾改变拯救苍生的赤子之心。麻沸散的研制成功，也让华佗和明心的爱情修成正果，可就在幸福来临时，曹操因病、因疑、因恨抓走了华佗，这位行医济世、妙手回春的苍生大医逝于囚牢。

　　从荣宁二府被抄而蒙不白之冤，重病在身的王熙凤已经对贾府任何人不再信任，只好拿出“通灵宝玉”和一本“族谱”让刘姥姥南下寻找贾宝玉，同时将她的女儿巧姐托付给刘姥姥照料。于是，这一老一少便踏上寻找贾宝玉的茫茫路。孙绍祖、贾雨村等人为夺记载了朝廷众多官员买官卖官罪证的蓝册子，一路追杀刘姥姥，可谓险象环生，幸得狗娃、郑龙、朱婷、等人的屡次相助，刘姥姥一行人才能频频化险为夷，最终将蓝册子交给了北静王，为荣宁府沉冤昭雪……

　　自清雍正以来，乐家老店同仁堂被钦定为“御药供奉”，至乐家第八代已声名大震。病家闻名纷纷求药，而日本浪人小野勾结在乐家长大的曹化伦，蓄谋夺走密方药谱。
　　曹化伦盗方被老东家乐宏达撞见，行凶纵火，烧毁乐家细料药库；又勾结御药房白太监扣押御药银子，竟使老店雪上加霜，无钱制药，无药可售。王爷误以为乐家“拿搪”，一怒下令撤销乐家御药供奉，另行招标。面对内外交困，乐宏达老人为保住二百年老字号，毅然隔代传印，将堂印传给孙子乐宏达。
　　乐宏达临危受命，在妻子徐瑞珍帮助下，以海底捞月之功，夺回御药供奉。并得到光绪皇帝的赐匾。曹化伦又怂恿王爷，下令老店不得在民间售药，只供宫廷。乐宏达体味到“进则为良相，退则为良医”，“进而济世，退而济民”，“抗旨”卖药。乐宏达力助孙子，利用大总管李莲英的病情，一药回天。西太后终于开禁。
　　流落北京被乐家收留的女伶丛玉珠，暗恋乐宏达，然而为营救乐宏达出狱，舍身将自己嫁给曹化伦。
　　甲午战争，清军赴朝鲜抗敌。乐宏达赶造出十万包“诸葛行军散”，赠送将士，却被药材商人借机抬价，欠下巨款。年关债主逼债，乐宏达借贷无门，愤而变卖祖宅。药材商人得知赠药原因，慨然放弃债权。老店又一次绝处逢生。
　　丫头兰香之父胡七死里逃生，被诬追捕。乐家掩护胡七，却被曹化伦出卖。乐宏达将兰香收为义孙女。在徐瑞珍的撮合下，兰香与乐宏达喜结良缘。
　　八国联军炮轰大栅栏，老店店堂化于一炬。乐宏达命乐宏达、徐瑞珍陪同怀有身孕的兰香逃出京城，为乐家留下后代。小野率日本兵闯入乐家搜取密方，乐宏达〈应该是乐阔海〉以毒酒相酬，与之同归于尽。
　　乐宏达潜回京城，痛不欲生。他找到了爷爷珍藏的秘方药谱，将其藏入乐宏达的棺材。曹化伦有疑，趁夜开棺，徐瑞珍和义伶响九霄设计将曹吓死。
　　老店在废墟上重张，乐宏达却因饱受摧残离别人世。弥留之际，正值他的儿子乐同仁满岁“抓周”。在满桌的官帽、元宝、笔墨、绸缎之间，小同仁却抓起了《同仁堂药典》……

书法家罗永义死后将遗产都给了在他最危难的时候爱他的吉念楠。律师王卫平宣读遗嘱后，罗家个个脸带怒色，紧接着，罗家发生了一系列事情：佣人被杀、吉念楠被咬伤、吉的女儿尹早被人掐昏……吉决意离开是非之地，但被人从长城推下摔死。这一切都是王律师所为，尹早使元凶得到了应有的下场。她也感悟到生活的真谛，毅然放弃了罗永义的遗产，去开创自己的新生活。