故事紧接上一季结尾：夏威夷州长遭谋杀后，Steve McGarrett成了头号嫌疑人，被临时羁押在监狱里等候出庭受审。Danny突然带着能够洗清他罪名的证据前来探监。与此同时，Kono遭到停职检查的处分，内务调查部派人对她展开全面调查。Terry O'Quinn在本集中扮演McGarrett在海豹突击队受训时的指挥官Joe White；Richard T. Jones扮演新任夏威夷州长Sam Denning；William Sadler再次扮演McGarrett的父亲John McGarrett。

　　上午8点，美国情报部门收到消息，今天会有一颗核弹在美国境内爆炸。为了阻止这场恐怖袭击，CTU再次召回了因失去妻子已离开CTU一年之久的杰克·鲍尔（基弗·萨瑟兰 Kiefer Sutherland 饰）。随着调查的不断深入，阴谋的轮廓越来越清晰。原来，为了能挑起战争，恐怖组织伪造了一份录音文件，想借美国的手向录音文件中提到的三个国家发动战争。虽然总统对杰克的调查非常相信，但是只有猜测而无实质证据的情况下，总统也无力阻止这场一触即发的战争。由于总统执意拖延阻止发动攻击，内阁和副总统通过通过宪法暂时剥夺了总统的权力，这下杰克没有了总统的支持，只能孤军奋战。时间一点点的流逝，仅有的时间里杰克能查明真相吗？

　　这一季的故事发生在上一季的3年后。这一季里，托尼（卡洛斯·博纳德 Carlos Bernard 饰）和米歇尔（蕾可·艾尔丝沃斯 Reiko Aylesworth 饰）结婚了，并且成为了CTU的主管，而杰克（基弗·萨瑟兰 Kiefer Sutherland 饰）的女儿金姆也加入CTU成为了一 名情报分析员。剧情由一具被扔在洛杉矶卫生中心外并感染了致命病毒的尸体开始。一个墨西哥毒枭为了让美国政府释放自己的哥哥，以致命病毒为恐吓。杰克也因此又踏上了反恐调查之路。而这一季里面，杰克的调查并不顺利，为了打入毒贩内部，杰克不惜染上毒瘾，这导致他在调查中困难重重。而白宫方面，获得连任的鲍尔默总统（丹尼斯·海斯伯特 Dennis Haysbert 饰）康复后身边多出了一位私人医生女友，而总统的弟弟韦恩成为了他的得力助手，在连任压力面前，又要化解这场生化危机。总统还能像前几次那样给予杰克强有力的支持吗？

　　在这一季里面，杰克·鲍尔（基弗·萨瑟兰 Kiefer Sutherland 饰）戒掉了在第三季中染上的毒瘾，并且离开了CTU而开始为国防部长工作。但是杰克始终摆脱不了与CTU的联系，剧集一开始一场恐怖袭击致使的列车出轨事故使CTU不得不召回杰克进行此事的调查。才深入调查此事没多久，杰克就发现恐怖分子的下一个目标就是国防部长。经过杰克的努力，好不容易解救了被绑架的国防部长，化解了这次危机。原本以为可以松一口气的杰克，却发现刺杀国防部长只是恐怖分子设置的一个扰乱CTU调查的小环节。恐怖分子的真正目的是控制全美国的核电站，通过让核电站超负荷运转引起核泄漏进而威胁全美国，危机这才真正上演……

　　本片讲述了一只日本雪猕猴遇到了一个陷入困境的职业杀手布莱斯(杰森·苏戴奇斯 配音) 的故事。而当布莱斯去世后，这只猴子(在布莱斯的灵魂的指引下)追随他的刺客脚步寻求复仇。