故事发生在遥远的未来，肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰，为了抵挡异兽的进攻，日本政府成立了防卫组织TLT，其中，夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器，是整个组织内部的中坚力量。
　　然而，面对经过了进化的新型异生兽，夜袭队亦束手无策，在这个节骨眼上，光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准（桐岛优介 饰）出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中，奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉（川久保拓司 饰）是TLT里的新进成员，当他目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量后，开始对奥特曼的起源和姬矢准的神秘过往产生了兴趣。

　　我们每天生活在一个似是而非的世界中。但是，在这喧嚣的都市的某个角落，弥漫着特殊神秘的气氛。这里有一个与我们的的世界完全不同的世界。在这个世界的街上，无数的屏幕被放置在街头，传达着政府的意志，给他们提供各种各样的情报。这是一个市民被情报支配的高度发达的井然有序的社会。
　　而且，这个世界遭受来自宇宙各种各样生命“外星人”的侵略，他们不仅具有模仿人类的能力，而且能溶于任何物质和风景当中，潜伏在街道上。他们不仅能够理解我们人类的语言，而且可以用一种完全不同的交流手段交流。
　　但是他们之中有人伺机寻找侵略地球甚至灭亡人类的机会。为了防御来自宇宙的侵略，世界成立了一个凝结了世界最尖端科技的特别搜查队DEUS，那些DEUS的代理人，平时都潜伏在街道上，作为一般的市民生活，当发生了特殊事件后就接到指令，马上赶往事发地点，几个人一组执行任务。代理人之间都不知道真名，以代号互相称呼。
　　这到底是一个怎样的世界，为拯救这个世界而出现的红色巨人赛文X到底是谁，这就是贯穿全剧的最大的谜团
　　这故事的主人公仁，是DEUS的代理人。但是他丧失了自己以前所有的记忆。他为什么在这里？为什么被叫作“仁”这个代号？有自己到底是谁呢？
　　但是他根本无暇考虑这个，他就被卷入了与外星人的战斗之中。那谜一样的女人艾丽亚给她的红色的眼镜的目的是什么呢？
　　他最后能不能知道所有事情真相呢……

　　在爱迪·奥特曼离开地球后的25年，人类终于渡过了名为“怪兽频出期”的恶梦，时间飞逝直到当一次怪兽袭来时，地球的全新防卫队CREW GUYS JAPAN队只剩一人幸存。
　　在此同时，被奥特之父派遣来地球的宇宙警卫队新人梦比优斯·奥特曼来到了地球，并化身成“日比野未来”，与其他新加入的GUYS队员们，一同展开与怪兽决斗的战役。
　　并透过未来的角度，描述了历代超人战士保卫着地球的过程，GUYS队员们的羁绊及梦比优斯自我成长的故事。

　　大古是一个憧憬着电视节目《奥特曼》中的奥特曼形象，梦想是有朝一日能成为宇宙船船长的平凡少年。
　　现在还在逐渐成长中，目前只是横浜市观光课的一名普通公务员。
　　没错，本作的舞台是和之前的昭和·平成系列毫无联系，
　　平行存在于现实世界中的横浜。
　　幼年时憧憬着成为职业棒球选手的飞鸟，现在是横浜体育场的一名球童。
　　阿良也作为飞鸟的同事而不断支持着他。
　　把“开发出大古梦想所能够驾驶的飞船”作为理想目标的我梦，
　　目前和敦子一同作为横浜MaliTime博物馆的实习生而奋斗着。
　　就在同时，为追赶超越了时间和空间的格斯拉王，梦比优斯奥特曼出现在了横浜港。
　　他是唯一一个知道降临在我们世界的这一切的引导性角色。
　　「让７名勇者再次觉醒、并一同去打倒侵略者」
　　出现在梦比优斯面前说着这么番话的穿着红鞋的少女究竟是？
　　随着格斯拉王的出现、在山下码头也同样出现了庞敦王。
　　那是曾一度打败赛文奥特曼的强敌。
　　和在横浜体育场工作的飞鸟，在横浜MaliTime博物馆工作的我梦，
　　以及大古这３人相聚在一起谈论年幼时的梦想和将来的打算，
　　期待着未来和他们擦出的火花吧。
　　早田、团、乡、北斗这４人也同样只是普通的人类。
　　并且也分别和秋子、安奴、秋、夕子结了婚，拥有了各自幸福的家庭。
　　《迪迦奥特曼》第２６话《彩虹的怪兽魔境》中登场的刚力怪兽希尔巴贡，
　　第３６话《超越时空的微笑》中登场的超力怪兽哥尔德拉斯，
　　都以希尔巴贡王和哥尔德拉斯王的身份复活了。
　　两只都是与时间和空间有关的怪兽，出现在这个世界也合情合意。
　　在与未来的谈话中，大古更加确信了自己的目标。
　　但是当从未来口中得知「穿着红鞋的少女」时，大古曾一度淡忘的记忆再次苏醒。
　　还是孩子的他，当时也曾见过穿着红鞋的少女。
　　将怪兽召唤至这个世界的幕后元凶，地狱星人超级希伯利特星人出现了。
　　当他把梦比优斯变成青铜像后准备大肆破坏之时，
　　从未见过的奥特曼出现了，
　　他的名字是「迪迦」！
　　昭和宇宙人和平成奥特曼激突！