在银河系的另一端，原本宁静祥和的匹里卡星突发变故。邪恶的吉尔莫亚将军（香川照之 配音）发动政变，建立军事独裁政府。年仅10岁的总统帕比（朴璐美 配音）无力抵抗，只得乘上飞船被迫流亡。几经辗转，帕比来到了地球，他惊讶地发现，这里人类的身形竟然与他有着巨大的悬殊。没过多久，大雄（大原惠美 配音）和哆啦A梦（水田山葵 配音）他们便和帕比成为好朋友，并且为这个小小的总统建造了临时住所。然而好久不长，吉尔莫亚将军派来的追踪者随后来到地球。
　　为了保护他们的小朋友，为了遥远星球的和平，大雄和朋友们踏上遥远的星际征程……

　　正当Keroro小队们向着第四年TV动画进发时，其第二部剧场版《超剧场版Keroro军曹2 深海的公主、是也！》即将于3月17日开始在日本上映。继宣扬“友情”最高的第一弹剧场版结束之后，此次剧场版将大力宏扬伟大的家族之爱。
　　终于水之惑星马隆星开始了对地球的侵略。马隆星的末裔Meru王子和他的随从Maru，常年2个人生活的他们决定寻重建他们的世界，于是他们开始寻找公主的候补人选。而被选中的竟然是Keroro小的队所居住的日向家的长女，日向夏美！Keroro一行开始向着深海所在的秘密王国出发，解救被掳走的夏美。

　　应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队，在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次，KERORO军曹的面前出现了最新！最恶！最强的敌人！！
　　故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观，喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴，可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹，后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时，冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷，冬树与KERORO回到了东京。不过这时，最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样，但与KERORO不同天空対決戦ｔテンクウたい的是，他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是？……

　　宇宙殖民地移民经过数百年的宇宙时代，争夺地球圈霸权的战争结束了，本以为和平的时代已经来临，然而却是快要面临着崩毁。
　　A.G.（Advanced Generation）101年
　　突如其来的不明敌人（UE=Unknown Enemy）攻击宇宙殖民地“天使”并使其崩毁，这死伤惨重的悲剧日后被称为“天使的日落”，之后UE对居住在地球圈的人们带来长期的危害。
　　A.G.108年
　　与UE的战斗持续着，原本和平的宇宙殖民地“奥凡”也遭到袭击，居住在此的7岁少年弗里特·明日野在战火中失去了母亲。不过，母亲在临终时，将家中代代相传的记忆单元“AGE装置”托付给他。其中包含着被称为救世主的古代MS“高达”的设计图，弗利特继承了母亲的意志，决心造出高达。
　　A.G.115年
　　14岁的弗利特被宇宙殖民地“诺拉”的联邦军基地阿林斯顿接收。七年间，和基地的工程师们持续着研究，终于完成了高达。这部搭载了“AGE系统”的高达，能够令机体自我进化。
　　然而，可怕的时刻终于来临……
　　UE的魔爪终于逼近和平的殖民地“诺拉”。
　　如今，弗利特开动自己制造的高达，挺身而战。
　　到底弗利特能战胜14年间都不能战胜的可怕敌人UE吗？
　　历经明日野家族3代人的“百年战争”由此展开……