《圣魔之血》原著名《Trinity Blood》，是日本作家吉田直在《The Sneaker》杂志连载之巴洛克风奇幻小说，内容环绕在“大灾难”造成文明毁灭的遥远未来。
　　故事的舞台在未来的欧洲大陆。混乱的世界，神和魔鬼是世界的两个极端，他们相距人类很近，两者却有着天差地别的能力。圣堂的新神父亚伯·奈特罗德（Able Nightrord），看似一幅迷糊的表情，却有着不为人知的一面。只因他是身在神殿却流着恶魔之血的异种新人——吸食吸血鬼之血的吸血鬼。一方面他的存在受人类排挤，另一方面圣殿的人为了对抗遍布世界的各种恐怖生物又要借助他的力量。在和名为艾丝缇·布兰雪（Esther Blanchett）的少女相遇之后，两个人的命运都发生了极大的改变。在这种无法理清的矛盾中故事拉开了序幕……

　　故事舞台在21世纪中期的东京，那时东京已经因为温暖化而被密林所覆盖，被骤雨与恐怖的热带蚊所威胁的人们建起了以希腊巨神阿特拉斯命名的高塔移迁到了空中。但是并不是所有的人类都拥有这样的福利，贫困的人们仍然得留在地面与种种危机为邻过着艰辛的生活。摆在刚从少年教养院出来的少女面前的，是一大片危险的密林以及与个性各异的同伴一同参与进以性命做赌注的战斗的命运……

　　故事发生在日本的元志元年，江湖险恶，人心动荡。为了复仇，个头矮小父母双亡的少年铁之助（小林由美子 配音）以成为“鬼”为目标，要求加入当时十分有威望的武士组织新撰组。在新撰组里，铁之助认识了外表温柔剑术高超的一番组组长冲田总司（斋贺弥月 配音），以及外表鬼畜却心思细密的新撰组副长土方岁三（中田让治 配音）。组中各类有趣的人等让铁之助的生后变得多姿多彩，而柔弱的少女沙夜（高桥美佳子 配音）更是撩动了少年稚嫩的心弦。
　　在新撰组内，严明的纪律必不可少，有时甚至严苛到了违背人性的地步。目睹着和激进攘夷派做着不懈斗争的组员，看着他们为了维护自己的尊严宁可丢失性命，铁之助在心里暗下决心，要让这武士道精神流传下去。

　　没有血缘关系的都筑巧（冈本信彦 配音）和都筑乙女（佐藤聪美 配音）经营着一家生意惨淡的西点店“stray cats”，乙女天然呆和什么东西都喜欢往家捡的个性让巧十分头痛，同时，她制作糕点的技术和经营管理店面的技巧也给本身就岌岌可危的西点店雪上加霜。但是，在亲梅竹马泽文琴乃（伊藤加奈惠 配音）的帮助下，巧的日常还算是风平浪静。
　　一切都在这一天发生了翻天覆地的变化，乙女居然捡回了一只外表怎么看都像是傲娇少女的“流浪猫”！“猫”的名字叫做雾谷希（竹达彩奈 配音），本来大叫着“丢掉她”的巧，却折服在了希在蛋糕制作方面的惊人手艺之下而将其留下帮忙。就这样，在一群损友的陪伴下，巧与流浪猫的快乐生活开始了。

　　遥远的未来，地球一度变成冰冻星球。幸存的人类移民外太空，建立了繁荣的殖民星球阿瓦隆，并与外星人成立人类银河联盟。与此同时，名为希迪尔斯的异形肆虐繁殖，与联盟展开旷日持久的战争。在一次针对希迪尔斯母星的战役中，年仅16岁的少尉雷德（石川界人 配音）所在部队遭遇猛烈抵抗。撤退途中，雷德不慎被卷入时空裂缝，与他所驾驶的歼灭兵器钱伯坠落在地球的汪洋中。钱伯被人类打捞到加尔刚蒂亚舰团之上，面对这个与印象中完全不同的人类发源之星，雷德不知所措。在此期间，他和可爱的少女艾米（金元寿子 配音）沟通交流，并成功帮助他们挫败海盗的进攻，赢得地球人的信任。
　　由于无法联系到友军，雷德只能暂时留在地球。自幼只知道战斗和服从命令的他，面对这群全无纪律和效率可言的人类，心中最深层的情感慢慢苏醒……