最后的兵团

明嘉靖三十七年，宦官权倾朝野。方术国师为谄媚监首厂公，提出以“活虎心”炼丹，用以“壮阳重生”。故东厂在猛虎出没地——西南边陲小镇设立“司礼猎场”，猎捕猛虎用以炼化。但没有想到，此举使得奇异病毒进入老虎体内，让老虎发狂，并形成瘟疫迅速传播......

清朝末年，一代宗师太极拳高手杨崇武（于海 饰）一家隐居杭州西子湖畔。杨崇武与妻子慧娘（胡慧中 饰）晚年喜得贵子杨学文（吴京 饰）。学文自幼天资聪慧，生性好武，而杨父怕他惹事闯祸，每日督促儿子苦读诗书，不准他外出。学文暗中偷学父亲的太极拳，并自创了一套辫子神功，平日勤加苦练，习得一身好武功。
　　适逢钱塘江边举行祈雨祭祀，学文和表弟偷偷前去参加龙王祭。在祭典上，学文遇见了留洋归来的千金小姐曹央云（钟丽缇 饰），学文一见钟情。为了追求央云，学文参加了革命党。他的辫子神功在禁鸦片运动中大显神威，学文与央云感情日益加深。然而向中国走私鸦片的帝国主义分子却并不善罢甘休，暗中设下阴谋诡计，一场殊死搏斗旋即展开。

　　Kyohei Aizawa, an assassin for a covert non-governmental espionage group in Japan called "SEEK", is grieving over the loss of his girlfriend from a tragic plane accident. The leader of "SEEK",Ryo Mikumo, contacts him for an emergency mission; save a fellow agent, recover a new highly explosive liquid called "RDX@", stop a ruthless Yakuza leader, Sojiro Kotsuki, and his gang before they take over Japan. Although the Ninjas were thought to have disappeared... the new breed of assassins live on helping to protect Japan and all that is right; the Ninjas are coming soon.

　　六年前，拥有绝世本领的焰众忍者虎影（斋藤工 饰）与月影（芳贺优里亚 饰）坠入爱河，后者更怀上了虎影的孩子。然而焰众首领东云幻斋（椎名英姬 饰）绝不允许手下有这种叛逆之举，于是对二人进行严刑拷打。在遭受了残酷的折磨后，虎影夫妇一路逃亡，最终在某个偏远山村落脚，和他们的儿子孤月过着与世无争的平凡生活。这一日，东云派出忍者前往耶严藩偷窃金银秘卷，谁知却遭遇对方殊死抵抗，最终只拿到了银卷。为了得到金卷，东云找到虎影夫妇，并且绑架了二人的儿子来要挟他们潜入耶严城。
　　为了营救最爱的孩子，夫妇俩只得再入血雨腥风的江湖，投身于连绵不断的忍者大战之中……