徐夕（李连杰）本是神秘杀手组织701部队里的一名冷血杀手，因为不想再做杀人工具，他逃离了该组织来到香港化身为一名普通的图书馆理员，因此结识警察石SIR并与之成为好友，不想701部队为追杀黑帮头目突然现身香港，一时石SIR及警方均束手无策，见好友处于危难中，徐夕挺身而出化 为黑侠。
　　黑侠让701部队的首脑熊菊（龙刚）大为震怒，遂派徐夕旧情人若兰规劝黑侠归顺，被徐夕断然拒绝，结果令图书馆除Tracy（莫文蔚）之外的诸同事皆丧命。为保护Tracy，徐夕再做黑侠采用强硬态度要带她走，遭不知黑侠就是其意中人徐夕的Tracy的拒绝。后在与熊菊一干人等对抗的过程中，徐夕渐从Tracy身上寻到自己想要的情感。

潘家辉（刘青云饰）其实也走红过，他曾经是十几年前电影金像奖最佳新人奖得主。然而世事变幻，加上他性格锋利，在圈内的发展每况愈下。失意落魄之时，竟有新人吴晓菲（霍思燕饰）当他是无敌尊师，还拜师学艺。吴晓菲纵然受尽新人的委屈，演戏亦任劳任怨，感动得潘家辉终于收之为徒弟，成为其经纪人。
　　师徒日夕相对，感情渐厚。吴晓菲慢慢成长的演技，为她带来的第一部戏却是三级片，还要远赴日本。她的事业将走向何方，和潘家辉搁浅的感情又该怎么办。最后成名的是潘家辉，还是吴晓菲，是皆大欢喜，抑或是两败俱伤？

1991年，香港黑帮龙头倪坤被杀，倪氏家族旗下五大头目中除韩琛（曾志伟）外，均伺机背叛发难，不料却被倪家不起眼的第二代倪永孝（吴镇宇）不费一兵一卒牵制，此举引来重案祖督察黄志诚（黄秋生）的戒心，使其派出警校学生陈永仁（余文乐）渗入倪家进行长期的卧底工作，而韩琛为了巩固势力，早在警察内部安插了线人刘建明（陈冠希）。三年后，事业蒸蒸日上的倪永孝为安枕无忧，决意将五大头目一举歼灭，却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼。1997年，大难不死的韩琛重出江湖，为替死去的同事报仇，黄志诚找到他商议合作除掉倪永孝的事宜，不久却发现此举铸成大错，而各自为自己的尴尬身份苦恼的陈永仁和刘建明，则在无间道的路上越行越远。