故事发生在虚构的城市空崎市，在那里，存在着一支由身手矫健的少女们所组成的特工组织“月影”，每天入夜，少女们的身影便会在月亮的映照下穿梭在城市的角角落落，守护这座城市与市民们的安全。犯罪组织“魍魉”一直对空崎市虎视眈眈，屡屡进犯，他们是月影最大也是最难对付的对手。
　　源桃（安斋由香里 配音）是一名高中二年级的学生，本来 平凡无异的她，凭借着自己的特殊能力，在机缘巧合之下加入了月影。在那里，她结识了个性认真严谨的半藏门雪（沼仓爱美 配音）、积极向上的相模枫（藤田茜 配音）和桀骜不驯古灵精怪的八千代命（洲崎绫 配音）等人。

　　个性活泼开朗的白雪（早见沙织 配音）拥有一头美丽炫目的红发，从小生活在深山之中，令白雪拥有着超越常人的敏锐和活力。让白雪没有想到的是，自己竟然即将被迫嫁给好色而又愚笨的拉冀王子（福山润 配音）为妾，桀骜不驯的白雪发誓绝不向命运屈服。在留下了一束红发之后，白雪离开了家乡
　　在前往邻国的途中，白雪邂逅了克拉利涅斯王国的二皇子千（逢坂良太 配音），跟随着千的，是忠心耿耿的两位侍从木木（名冢佳织 配音）和光秀（梅原裕一郎 配音）。在得知了千的真实身份之后，白雪决定放弃自己的一切，追随千来到他的王国，辅佐千，成为他的左膀右臂。

　　故事发生在黑手党出没的意大利。表面上，“社会福祉公社”是一间专门收容孤苦少女的福利院，但在背地里，他们却以杀手为目标训练这些肢体残缺的女孩。他们将少女们洗脑后进行肢体改造和实战训练，经过改造的女孩们，成为了不折不扣的杀人兵器。其中，要数海瑞塔（南里侑香 配音）、莉可（三桥加奈子 配音）、崔耶拉（仙台惠理 配音）、克拉耶斯（小清水亚美 配音）和安琪莉可（寺门仁美 配音）五人最为优秀。每个少女都配有一个年长男性作为辅佐官照顾其生活起居。虽然身份是杀手，但她们对自己的辅佐官都有着深厚的信任和感情。
　　少女们的敌人，是被称为“五共和国派”的恐怖组织，他们为了争取自由独立犯下了不择手段的罪行。少女们无法逃脱死亡的悲伤命运，残酷的战斗中，处处显现出这些无依无靠的“工具”们悲哀的身影。

　　樱井奈奈（花泽香菜 配音）是一位平凡而又善良的可爱女生，某日，奈奈在网上看到了方南STRIDE部比赛的画面，被这项穿梭在大街小巷之中的运动深深吸引，产生了加入的念头。就这样，奈奈进入方南高中，加入了STRIDE部，开始了在这里的学习生活。
　　个性阳光开朗的八神陆（木村良平 配音）、沉默寡言满脑子只有STRIDE运动的藤原尊（冈本信彦 配音）、外表娇小可爱却拥有强大实力的小日向穗积（小野贤章 配音）、体格健壮英俊帅气的支仓希斯（小野大辅 配音）、温文尔雅书卷气浓厚的门胁步（下野紘 配音），和奈奈一起奔跑在路上的是这些个性迥异的社员们，面对层出不穷的对手，他们会释放出怎样的激情呢？

　　白滨兼一（关智一 配音）是一个为人和善性格懦弱的内向少年，因为这性格，兼一没少受同学的欺负。为了改变悲惨的现状，兼一决定改头换面重新做人，随即加入了学校的空手道部。没想到，在社团里，兼一的境遇并没有改变，因为被社员讨厌，兼一即将被驱逐出社团，唯一幸免于难的方法就是在于社员的比武中获胜，这对于兼一来说，几乎是不可能完成的任务。
　　名叫风林寺美羽（川上伦子 配音）的美少女出现在了兼一的面前，她告诉兼一，有一处名为梁山泊的道场聚集了无数的武林英雄豪杰。为了赢得比试，兼一走上了修炼的修罗之道，令他没想到的是，他平凡的人生即将被这一仓促的决定而彻底颠覆。

　　POLYPHONICA是一个被称为“精灵”的生命也存在的异世界。与地球上存在的世界同属于平行世界，从地球被POLYPHONICA大陆传唤的人类也在这个世界生活。POLYPHONICA大陆的科学水平是地球的现代～近未来的水准，与地球现代科学产物同样的东西也基本存在以外，所谓的未来城市也一样存在。与之平行的是，借助演奏“神曲”的精灵力量这样的技术体系也同时发展着。似乎在这个世界隐藏着极大的秘密，精灵和人类不知不觉就面临着真相揭晓的那个时候……