2006年の発売から根強い人気を誇るPlayStation2用ゲーム「ペルソナ3」をアニメーション映画化した「PERSONA3 THE MOVIE」の第3章。季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は「銀河機攻隊マジェスティックプリンス」「デート・ア・ライブ」などを手がけてきた元永慶太郎。

銀河で一番、宇宙で一番！究極のこだわりを見せる超無敵カードクエスターレイとレイの相棒ツッコミ大好きちびドラゴンムゲンと広がる宇宙の大パノラマへといざ出発！レイ「一番星号、発進」ムゲン「はっしーん！」荒野の星の成層圏を抜け、星の海に飛び出す一番星号。バトルスピリッツは新時代に突入！今やカードは宇宙に散らばるお宝となっている。カードクエスターと呼ばれる冒険者たちは、もっともっと強いカードを求めて戦いを繰り広げている。彼らが求めるものはただ一つ！宇宙のどこかにあるという『究極のバトルスピリッツ』！レイは様々なアルティメットと属性を使いこなし、属性の色にあわせて変身する！赤ゼロ「真っ赤に燃えろ一番星！俺より強い奴はいねえ！」白ゼロ「出撃の時は来た。全軍進撃開始！」冒険の先にはどんな出会いが待っているのか！？そしてレイは究極のバトルスピリッ...

在遥远的十二号行星阿莫伊上，存在着一个扭曲的社会。这个社会由巨型电脑朱庇特所掌控。为了净化基因，人类被放逐了，一般的生育方式被彻底抛弃，朱庇特通过直接操控基因的方式，制造出了一大群更加完美的生物体，他们美丽，强壮，聪明，但冷酷无情、野心勃勃。这群所谓的“超人类”成为了普通人类的统治者，他们通过发色来区分等级，其中，黑发和金发，分别处于等级的最底层和最高层。在首都塔拉古纳，有一群被称之为“宠物”的低等居民。他们被豢养、玩弄，每天都生活在没有尊严的纸醉金迷中。里奇（关俊彦配音）就是其中的一员，但也是特殊的一员，黑发的他属于底层居民，而他金发的主人雷森（盐泽兼人配音）却是朱庇特最喜欢的“孩子”。其实，他们的感情早已远远超出了正常的宠物与主人之间的界限，然而，在朱庇特看来，这样跨越阶级和种族的感情是绝对不允许发生的。这一对禁断的恋人会有一个好的结果吗...

故事的主人公巴辛是一个非常爱好“交换卡片游戏”的小学六年级生。现在上学的小学校园里，正流行着一个在全世界都受到欢迎的卡片游戏“battlespirits”（战斗精神）。有一天，巴辛意外地得到了一张“辉石”……用辉石的力量，可以将“战斗精神”卡片中的怪物“spirit”们召唤到现实生活中来互相战斗。从此巴辛有了召唤卡片的能力。知道在学校传言中所说的传说的X珍稀卡片是实际存在的巴辛，与同样拥有辉石的竞争者们一起，为了能够得到这张X卡，而展开了激烈的卡片战斗。当集齐了所有的X卡片时，就能实现与传说中最强的王者战斗的愿望。究竟能够称雄全世界的最强王者、以及能够赢得究极的卡片战斗的人究竟会是谁呢？！【STAFF】导演：本乡充（蜡笔小新）系列构成：佐藤大（攻壳机动队S.A.C）人物设定：下笠美穗怪物设定：石垣纯哉（钢之炼金术师）、今石进（SD高达）...