POLYPHONICA是一个被称为“精灵”的生命也存在的异世界。与地球上存在的世界同属于平行世界，从地球被POLYPHONICA大陆传唤的人类也在这个世界生活。POLYPHONICA大陆的科学水平是地球的现代～近未来的水准，与地球现代科学产物同样的东西也基本存在以外，所谓的未来城市也一样存在。与之平行的是，借助演奏“神曲”的精灵力量这样的技术体系也同时发展着。似乎在这个世界隐藏着极大的秘密，精灵和人类不知不觉就面临着真相揭晓的那个时候……

　　花园花铃（中原麻衣 配音）拥有着悲惨的身世，在她尚且没有记忆的时候，父母就过世了。之后，叔母收留了无处可去的花铃。花铃虽然个性善良而又温柔，脑袋却有些笨笨的，无论是成绩也好运动也好人际交往也好，她都慢别人一步，因此常常遭到叔母的责骂。花铃唯一的好朋友是她的宠物猫小西，然而有一天，小西也离她而去。
　　一次偶然中，花铃发现了母亲留下来的一枚戒指，这枚戒指拥有神奇的法力，能够让花铃变身成为魔法少女。之后，花铃又遇见了九条姬香（下屋则子 配音）和九条和音（泽城美雪 配音），他们也拥有着各自的戒指。

　　麻井麦（树元织江 配音）是一个平凡的15岁少女，就读于熊鹰艺术学院。小麦是一个性格非常内向的女生，一旦在人多的场合就会双颊通红说不出话来，对自己的能力极度缺乏自信。然而，这样一个害羞的女孩，却在误打误撞之中加入了学校里的演戏研究会。在众人面前连话都说不利索的她，又怎么能够在舞台上进行表演呢？
　　对小麦给予了无限信任的远山佳代（宫川美保 配音）、外表冷漠内心火热的学姐一之濑野乃（川澄绫子 配音）、性格开朗淘气的西田甲斐（岸尾大辅 配音）、每天都元气满满的活力少女西田理咲（氷上恭子 配音），在学校里，小麦结识了一干志同道合的好友们。

　　本动画由《座敷童子》《海坊主》《无脸怪》《鵺》《化猫》五个故事组成，背着一个大药箱、持着一把退魔之剑的卖药郎（樱井孝宏 配音）是每一个故事的联结者。妖怪的形成，是由人类的种种因缘引起的；要想拔出退魔之剑，就必须要凑齐“形、真、理”。“形”即由人的因缘所引起的妖怪的形态；“真”即事件的真相；“理”即当事人心里真实的想法。
　　雨夜里，一名怀孕女子来到旅馆投宿，老板娘将她安排到一个从不住人的房间里。同时，有个追杀此名女子的男人也来到旅馆。不久后，奇怪的事情发生了。卖药郎得知妖怪的“形”乃怨灵“座敷童子”，而“真”和“理”究竟是……在卖药郎的询问下，老板娘说出了多年的真相，原来这家旅馆的前身是青楼，而这个房间，竟然是……

　　本动画由《座敷童子》《海坊主》《无脸怪》《鵺》《化猫》五个故事组成，背着一个大药箱、持着一把退魔之剑的卖药郎（樱井孝宏 配音）是每一个故事的联结者。妖怪的形成，是由人类的种种因缘引起的；要想拔出退魔之剑，就必须要凑齐“形、真、理”。“形”即由人的因缘所引起的妖怪的形态；“真”即事件的真相；“理”即当事人心里真实的想法。
　　雨夜里，一名怀孕女子来到旅馆投宿，老板娘将她安排到一个从不住人的房间里。同时，有个追杀此名女子的男人也来到旅馆。不久后，奇怪的事情发生了。卖药郎得知妖怪的“形”乃怨灵“座敷童子”，而“真”和“理”究竟是……在卖药郎的询问下，老板娘说出了多年的真相，原来这家旅馆的前身是青楼，而这个房间，竟然是……

　　正值百年战争末期，基利可·丘比在纵横交织的枪弹下生存。
　　另一方面，Pailsen被RED SHOULDER的丑闻事件包围而垮台。军队的首领决定将他处决，蛤去被情报省的次官沃茨卡姆从法庭救了出来。
　　对Pailsen留下的秘密文件志在必得的沃卡姆，目的在于对“异能生存体”的有用性进行实验，从而在战后得到地位。
　　于是在沃卡姆监视下的基利可，和被秘密文件挑选出的四人：巴可夫、哥登、扎奇、可恰克一起，不停地转战在过于残酷的战场上。“如果不是异能力，就没有生存的机会。”……

在这个揭示钢铁超人起源的传奇冒险故事里，过去和现在发生了碰撞。在一个被埋葬多年的中国古老王国的废墟上，百万富翁兼发明家托尼。斯塔克进行着挖掘工作，但挖掘进度远远超出了协议规定的部分。他解开了一个古老的预言，预示中国最黑暗和最暴乱朝代的君主Mandarin将会复苏。为了对 付这股极具破坏性的力量，托尼打造了一套盔甲，并装备上先进武器。为了阻止这个他亲手带到地球的邪恶力量，托尼必须要成为自己有生以来最伟大的发明 -- 钢铁超人！这个新生的战士必须到地球的四个角落同Mandarin的追随者元素战士 -- 4个操纵着土、水、风和火元素力量的战士 战斗！但像预言所说的那样,钢铁超人是否有足够的能力挑战命运，阻止这股邪恶力量意图对地球的破坏呢？

“大Z”吉克（杰夫·布里吉斯 Jeff Bridges 配音）是企鹅世界最知名的冲浪选手，他有着光辉成绩，又在十年前消失在一次比赛里，因此成为传奇，他的故事激励了一代又一代小企鹅继承冲浪事业，科迪（希亚·拉博夫 Shia LaBeouf 配音）就是其中最痴迷的一个，他从小就立志走出小镇，也的确凭自己的努力和天赋，得到经纪人长腿鸟（马里奥·坎东尼 Mario Cantone 配音）和矮熊老板（詹姆斯·伍兹 James Woods 配音）的支持，带他进入世界级冲浪比赛赛场——夏威夷岛。在那里，科迪遇见了一个蔑视“大Z”的傲慢选手“坦克”（狄尔里奇·巴德 Diedrich Bader 配音），为维护偶像向他提出挑战，还遇到美丽的救生企鹅兰妮（佐伊·丹斯切尔 Zooey Deschanel 配音），梦想和爱情，一起摆在年轻科迪的面前…

　　在神仙教母的帮助下，辛蒂瑞拉（詹妮弗·黑尔 Jennifer Hale 配音）和王子（Christopher Daniel Barnes 配音）结合过上了幸福的生活。然而好景不长，邪恶的后母发现了辛蒂瑞拉魔法的秘密，她偷走了神仙教母的魔杖，施法使时光倒流到了辛蒂瑞拉未去参加舞会之时，几乎是一瞬间，辛蒂瑞拉重新变回了寄人篱下的灰姑娘，失去了所有的一切。
　　在魔法的作用下，辛蒂瑞拉那刻薄的姐姐安娜斯塔西娅（崔丝·麦妮利 Tress MacNeille 配音）穿上了水晶鞋，而王子亦被魔法蛊惑，决定迎娶安娜斯塔西娅。心急如焚的辛蒂瑞拉决定为自己的命运而战，她悄悄混入了皇宫之中。虽然没有了魔杖，但辛蒂瑞拉坚信，真爱的力量能够帮助她取得最终的胜利。

幽灵军团的黄泉（中村秀利 配音）通过神秘的暗黑医疗术，复活了具有足以毁灭世界恐怖力量的魔物魍魉（加藤精三 配音），希望以此建立黑暗的千年王国。魍魉俯身于黄泉身上，随即命令幽灵军团攻打鬼之国，企图杀害具有封印魔物和预言死亡能力的巫女紫苑（藤村歩 配音），并准备夺回魍魉封印在沼之国的肉体。一旦魍魉的灵魂和肉体合二为一，世界将彻底灭亡。鬼之国遇袭的消息很快传到其他各国，叶隐村的忍者也被调动起来。鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、宁次（遠近孝一 配音）和小李（増川洋一 配音）受命前去保护紫苑。然而，鸣人却从紫苑的口中得到他将死去的预言……
　　本片为《火影忍者》第四部剧场版动画。