日暮戈薇是就读于国中三年级的15岁普通小女生，某日，她偶然通过家中神社的枯井来到了500年前的战国时代。时狼烟四起，妖怪横行，世间大地生灵涂炭。戈薇在御神木那里邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年前，意欲变成真正妖怪的犬夜叉，为了得到四魂之玉结识拥有强大灵力的巫女桔梗。经过一段时间相处，两人之间产生了感情。犬夜叉因此希望变成人类，而桔梗也打算在净化完四魂之玉后过回普通人的生活。然而，对桔梗心存邪念的盗贼鬼蜘蛛将灵魂和肉体献给妖怪，继而转生变成邪恶的半妖奈落。在他的一番挑拨下，犬夜叉被桔梗封印在神木之上，重伤的桔梗也在悲伤绝望中死去。

瘴气镇是一个风暴永驻的小镇，所有刚出生驼背的小孩都被疯狂的科学家拉去做助手，并且他们都叫伊戈尔。小镇里的科学家们都以发明邪恶的发明为荣，在每年举办的“全国邪恶科学大展”上夺冠更是每一个科学家梦寐以求的荣誉。其中一个科学家的助手伊戈尔（约翰·库萨克 John Cusack 配音），他不满足于当一辈子的助手，想成为一名科学家，并且展会上赢得第一名！恰好就在展会举行前两周，这个伊戈尔的主人格里肯斯坦博士（艾迪·伊扎德 Eddie Izzard 配音）突然猝死了，这对于伊戈尔是个天赐良机。于是，他冒着杀头的风险，冒名顶替了博士去参赛。在短时间里，他发明了他的第一个作品——伊娃（莫莉·香侬 Molly Shannon 配音），而天下没有不透风的墙，他冒名顶替的事情被人发现了，伊戈尔将如何化解问题，来完成自己的梦想……

在现代武道世界，赵信意外继承天庭回收站，收获众仙助力，坐拥群芳，问鼎武道巅峰。

天才脑科学家白月魁为救恩师霍恩进行了脑移植术，却不想霍恩受到西弗残存意识的影响......琼斯盗取了天使再生剂注射到19号实验体上引起了一系列异变。同一时间，久川市因为瘟疫感染变成了一片人间炼狱，市长白靖宇和人工智能ASH为了抵御联盟的入侵誓死不降，却不想等到一切尘埃落定之时，真正的末日却来临了……

钟馗，传说中的唐朝状元，才华出众，武艺超群，但因相貌丑陋被皇帝免去状元头衔，钟馗羞愤难当撞死于大殿之中。因其人刚烈正直，被玉皇大帝封为伏魔帝君。由于在阴间举报阎王贪赃枉法，被阎王怀恨在心，一心想除掉钟馗，于是篡改钟馗的好友柳凯的生死簿来逼迫钟馗就范。钟馗、柳凯、欧阳一清三友互相协作和阎王展开一场阴间和阳间的正义之战。

鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）和鹿丸三人进入深山寻找走失的雪貂，在回来的路上，他们遭到全副武装的骑士团的袭击。在激烈的对抗中，鸣人和对方的白甲头目特穆金一同跌落悬崖，两人被刚巧路过的商队所救。一路上，两个对手慢慢开始了解，继而得知特穆金要建立一个没有战争和灾难的乌托邦，而鸣人具有的神奇力量正是他们所需要的。与此同时，鹿丸则和小樱目击到一个巨型堡垒，他们发现堡垒四周满是穿着铠甲的武士。鹿丸偷偷潜入侦查，看见一群被禁锢在容器中的小孩，并听到关于吉鲁遗产的谈话。这与特穆金之间究竟有什么样的关联？
　　本片为《火影忍者》第二部剧场版动画。