U. C.0097时期，“拉普拉斯事变”的纷争终结后，2架独角兽高达被秘密封印，新吉翁残党“袖章”也随之瓦解。就在人类逐渐走出战争带来的阴影之时，失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身，拥有颠覆世界秩序力量的它即刻引发了地球联邦军、吉翁袖章残党以及路欧商会三方势力的争夺狩猎，一场宇宙对决也即将拉开帷幕......

［１］第１话「特殊公安」第２话「変貌都市」国际的政治犯罪の舞台と化した日本で、様々な外敌と炽烈な戦闘を繰り返す対武装テロリスト部队『特殊公安』。特公新メンバー“エンゼル”はタチハラが乗ったバンを追ったが、そこで目にしたものは炎上するバンと惨杀されたテロリストの死体だった。しかも、この追迹により重伤を负ったメンバーの“ライデン”は行方不明になってしまった。メンバーを１人欠いた特公は、执拗な捜査の果てにタチハラを捕获する。一方、首都圏ではテロリスト惨杀事件が多発していた。［２］第３话「抹杀指令」第４话「痛み」タチハラの口から、特公は谜の巨大组织と彼らが操る“ハンター”という杀戮者の存在を知った。しかし核心に近づく特殊公安に対し上层部から密かに抹杀指令が下された。一方ライデンを追ったエンゼルは、怪しげな研究所で强化人间に改造されたライデンを発见す...

在未来世界，由于痛失爱子，天才科学家天马博士（尼古拉斯·凯奇 Nicolas Cage 配音）创造出了机械人阿童木（弗莱迪·海默 Freddie Highmore 配音），想以此来作为儿子的替身，寻找安慰。虽然，阿童木拥有博士儿子的情感和记忆，而且先进的程序还在不断完善其情绪，并让他富有同情心。可是，博士始终无法接受失子之痛，对阿童木也不能正确对待，并认为他不是人类而将其抛弃。阿童木沦落为无家可归的流浪儿，而且还备受军方的四处通缉，并最终被抓住。军方要求天马博士拿掉阿童木的能源，让它变成军方机器人的能源配备。在最后时刻，天马博士突然醒悟，并协助阿童木逃走。面对军方的围追堵截，阿童木奋起反抗，最终一场惊世大战一触即发。在不断的旅行过程中，阿童木也逐渐成长，他也接受了自己这机械与人类结合的设计，并肩负起全人类生死存亡的重任。

時は大正───浪漫の香り満ち、人々の心、いまだ情け知る。眉難高校に通う、雲仙、酸ヶ湯、卯花、長万部、阿蘇は“何にもしない部”・地球防衛部の部室でダラダラ過ごしながら、学生寮・黒玉寮で共に生活をするごく普通（？）の男子学生。ある日5人が黒玉寮で朝風呂していると、湯船の中になにやらヌルっと動くものが。やっとの事で捕まえると、それはしゃべるマヌルネコ・ヌルだった！遠い遠い未来から重大な使命を帯び、地球に滅亡の危機が迫っていることを伝えに来たというヌル。守りたい…この地球をと言いながらも、自分は危機を知らせにきただけで地球のために戦うかどうかは自由意志で……5人で決めてほしいという。これって責任逃れじゃない…？怪しむ防衛部たち。「どっちでもいいなら俺はやるぜ！そっちの方がハイカラだからな！」と張り切る雲仙。自由な心で自ら戦うと決めた5人をヌルは猫科学でハイカ...